Die Verbindung zwischen Natur-Museum und dem neuen museum am flussgrund erfolgt im nordwestlichen Teil des bestehenden Gebäudes. Vom Foyer im Erdgeschoss führt der Weg über bequeme Rampen zum Niveau des Flussgrundes. Von den Galerien, Podesten und Rampen ergeben sich über den Luftraum zwischen den einzelnen Ebenen spannende Sichtbeziehungen. Je tiefer hinab der Weg zum Flussgrund führt, desto stärker wird das Geräusch des fliessenden Wassers der Reuss wahrnehmbar. Transparenz, Bewegung, Licht, Akustik bestimmen die Qualität dieses wichtigen Überganges zwischen Alt und Neu. Der Boden der Ausstellungsfläche und die richtungsweisende, über 3 Geschosse reichende Aussenwand bei der Rampenverbindung besteht aus geschliffenem Terazzobelag, dessen Hauptkomponenten Schotter und Kies dem Flussgrund der Reuss entnommen werden.

Der unter dem Quai liegende Raum weist Abmessungen von mind. 55 m Länge, ca. 10 m Breite und ca. 4 m Raumhöhe auf. Die präzisen Ausmasse richten sich nach der Situierung der UG-Räume der geplanten Universitätsbauten. Mit Rücksicht auf eine vielfältige Nutzung des Raumes werden für die Ausstellungselemente variable Vorrichtungen angebracht. (Schienen in Decke und an Wänden, ein variables System für Beleuchtung und Stromanschluss und ein veränderbares Trennwandsystem, das den unterschiedlichen organisatorischen und visuellen Anforderungen an Raumaufteilung und Hintergrundbildung gerecht wird) Entlang der südlichen Längswand des Raumes sind, abgetrennt durch eine transluzend ausgebildete Wand, die Magazine und Lager für Stellwände und Vitrinen angeordnet. Transporte erfolgen über einen Warenlift oder alternativ über eine Hebebühne.

Der bauliche Eingriff geschieht auf einfache und markante Weise: In der Flucht der bestehenden zurückversetzten Uferlinie, die neu als verglaste Ufermauer ausgebildet ist, liegt flussabwärts der Einschnitt der Fussgängerrampe (Fluchtweg); flussaufwärts wird das „Flussfenster“ durch ein Oblichtband fortgesetzt, das sich bis zum heutigen Museum erstreckt. Die im Ufereinschnitt situierte Verglasung bindet sich in die bestehende Uferlinie ein und ist durch den vorhandenen Rücksprung vor Schwemmgut geschützt. Im Zusammenhang mit der Sanierung des Reusswehrs wird für den Uferbereich der Einbau von Bunen angeregt, um die für Fische idealen ruhigeren Wasserzonen (Widerwasser) zu schaffen. Der Flussgrund sollte nach Anweisung von Fischfachexperten aufgewertet werden. Die in Naturstein erstellten Ufermauern im Bereich der Museen und im Bereich der in den Fluss auskragenden baumbestandenen Quaianlage bleiben unverändert erhalten. Vom gegenüberliegenden St.Karliquai und von der vielbegangenen Spreuerbrücke ergeben sich spannungsvolle Einblicke in das museum am flussgrund. Diese Transparenz steht in wirkungsvollem Kontrast zum introvertierten Charakter des historischen Museumsgebäudes, unterstützt das Erscheinungsbild (corporate identity) des Museums und trägt zu einer wirkungsvollen Aufwertung des linken Reussufers bei. Zudem besteht die Möglichkeit die transparente Glasfront als opake Projektionsfläche und Informationsträger zu verwenden. (elektr. schaltbares Glas / Flüssig—kristallprinzip)

Der Wechsel unterschiedlicher Raumstrukturen und Lichtsituationen, der Weg in die Tiefe zum Niveau des Reussbettes und die einmalige Lage des museums am flussgrund (naturnahes Flussaquarium anstelle künstlicher Grossaquarien) ermöglichen einen spannungsvollen Rundgang und machen den Besuch im Naturmuseum Luzern zu einem einzigartigen Erlebnis.

Mit der Realisierung des museums am flussgrund wird der erwünschten Verstärkung zu sozialen, kulturellen und gesellschaftlichen Nutzungen an einem wichtigen städtebaulichen Ort in idealer Weise entsprochen und die Erweiterung eines der attraktivsten Museen in Luzern langfristig gesichert.